Université de Bordeaux
FHU SMARTProjet transdisciplinaire sur la maladie des petites artères
Cluster of excellence

Dr Macha Nikolski

Dr Macha Nikolski, directrice du Data Management de SMART, est Directrice de Recherche au Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et responsable du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB). Ses principaux axes de recherche sont : (i) l’analyse de données omiques, en particulier les problèmes d’algorithmiques liés au Big Data, (ii) l’intégration de données biologiques par des approches d’analyse de réseau et (iii) le développement de méthodes prédictives.

 

Curriculum Vitae

Macha Nikolski, PhD, née en 1972, est diplômée de l’École Nationale Supérieure en électronique et en informatique de Bordeaux et de l’Université de Berkeley. Elle est titulaire d'un doctorat en informatique et est accréditée pour diriger des recherches en bioinformatique. Après avoir travaillé dans un centre de recherche privé à Boston, États-Unis, elle a rejoint le CNRS pour travailler sur l’application des méthodes utilisées pour les systèmes industriels aux systèmes biologiques. Elle a joué un rôle central dans le développement de méthodes de génomique comparative, notamment appliquées aux levures. Elle a ensuite dirigé une «équipe de jeunes chercheurs» chez GosNIIGenetika à Moscou. Depuis qu'elle est revenue en France, ses principaux axes de recherche sont: (i) l’analyse de données omiques et en particulier les problématiques algorithmiques liées au Big Data, (ii) l’intégration de données biologiques par le biais d’approches d’analyse de réseau et (iii) le développement des méthodes prédictives (machine learning, data mining). Elle est également fortement impliquée dans les efforts internationaux de normalisation dans la recherche en bioinformatique (HUPO PSI, MIASE, COSMOS). Macha Nikolski est membre du comité de pilotage de l'Institut français de bioinformatique.

Sélection de cinq références

1. El-Kebir M, Soueidan H, Hume T, Beisser D, Dittrich M, Müller T, Blin G, Heringa J, Nikolski M, Wessels LF, Klau GW. xHeinz: an algorithm for mining cross-species network modules under a flexible conservation model. Bioinformatics. 2015 May 27 / pii: btv316 / PMID:26023104

2. Waltemath D, Adams R, Beard DA, Bergmann FT, Bhalla US, Britten R, Chelliah V, Cooling MT, Cooper J, Crampin EJ, Garny A, Hoops S, Hucka M, Hunter P, Klipp E, Laibe C, Miller AK, Moraru I, Nickerson D, Nielsen P, Nikolski M, Sahle S, Sauro  HM, Schmidt H, Snoep JL, Tolle D, Wolkenhauer O, Le Novère N. Minimum Information About a Simulation Experiment (MIASE). PLoS Comput Biol. 2011;7:e1001122

3. Jean G, Sherman DJ, Nikolski M. Mining the semantics of genome super-blocks to infer ancestral architectures. J Comput Biol. 2009 Sep;16(9):1267-84.

4. Alonso-Alemany D, Barré A, Beretta S, Bonizzoni P, Nikolski M, Valiente G. Further steps in TANGO: improved taxonomic assignment in metagenomics. Bioinformatics. 2014 Jan 1;30(1):17-23.

5. Soueidan H, Maurier F, Groppi A, Sirand-Pugnet P, Tardy F, Citti C, Dupuy V, Nikolski M. Finishing bacterial genome assemblies with Mix. BMC Bioinformatics. 2013;14 Suppl 15:S16.

 



HAUT